La historia de los protestantes lioneses es la de una comunidad urbana, aislada en medio de una región enteramente católica, y sin encuadramiento nobiliario. Presenta, por otra parte, la peculiaridad de inscribirse en la segunda ciudad del reino debido a la demografía, pero la primera durante mucho tiempo debido a la economía y a sus finanzas. Resulto que la ciudad de Lyon se encontró ser una apuesta superior en las guerras de religión, y, tomada por los reformados en 1562, pasó a ser, para algunos meses, capital del protestantismo francés. Su importancia económica y bancaria en el momento de la Revocación del Edicto de Nantes en 1685 le valió, como en París, de no sufrir las "dragónadas" (1) y proceder a la conversión "por consenso"; debido a las conversiones las actuaciones hacia ellos fueron, con mas miramientos (según las instrucciones dadas al Intendente por el Rey). Por último, los numerosos extranjeros de confesión reformada o luterana, fueron "dejado en paz" y autorizados a practicar su culto de manera que fuera en casa de ellos, a su solo uso y de manera discreta con respecto a los vecinos y transeúntes.
La comunidad protestante lionesa se renovó de una manera casi total, al menos en dos veces, una primera vez en las persecuciones que siguieron la Saint Barthélémy (1572), una segunda vez después de la Revocación del Edicto de Nantes (1685). No hay pues, excepto muy raras excepciones, protestante lionés actual que descienda de los que vivían en los siglos XVI - XVII.
Por último, se constata que numerosas familias, bienestantes, apenas vivieron en Lyon solo el tiempo de una generación (a veces apenas la mitad de la generación) antes de instalarse en París. Uno de los mejores ejemplos es el de la familia Say (a quien pertenece el celebre economista) que se conoce sobre todo como familia azucarera aliada a Béghin.
La historia de los protestantes en Lyon fue objeto de una obra cuya lectura se aconseja. Se describe en la página de recepción de Lyon.
(1) dragónadas = obligación de albergar, mantener, pagar un sueldo a los "dragones" (soldados del Rey), tenían el privilegio de comportarse como en un pais conquistado. Este estado terminaba cuando se convertían.